Le indagini sul conto del congolese sono iniziate il 24 dicembre 2016, pochi giorni dopo l'attentato di Berlino, quando gli investigatori iniziano a cercare eventuali contatti tra Anis Amri (autore dell'attentato) e altri complici. Nel cellulare di Nkanga vengono trovati video di decapitazioni e di esecuzioni, azioni militari compiute dall'Isis in scenari di guerra, materiale ritenuto originale e non scaricato da internet. A quanto emerso il materiale di propaganda era stato ricevuto attraverso Telegram, mentre per le conversazioni venivano utilizzati WhatsApp, Viber e Facebook.
Dagli accertamenti eseguiti è emerso che Nkanga era entrato in Italia tra il 2 e il 3 dicembre 2016 insieme a Soufiane Amri, 22enne residente a Berlino risultato uno dei responsabili della moschea berlinese Fussilet 33, poi chiusa in seguito a indagini sul terrorismo islamico a cui ha contribuito proprio la polizia italiana. Due le rogatorie internazionali aperte, in seguito alle quali il 31 gennaio le autorità tedesche hanno smantellato con arresti la cellula salafita.
Tra gli arrestati Soufiane Amri, già espulso dall'Italia. Dalle indagini della Polizia è emerso che i due, Nkanga e Amri, avevano fatto tappa a Roma, poi si erano recati ad Ancona con l'intento di imbarcarsi per Patrasso. Nel viaggio hanno cambiato continuamente hotel, schede cellulari e hanno comunicato agganciandosi a wi-fi liberi, alternando i programmi di messaggeria utilizzati. A fermarli è stato lo sciopero dei traghetti per la Grecia: i controlli eseguiti hanno fatto emergere anomalie nei documenti.
È emerso che Soufiane Amri era gravato da un divieto di espatrio dalla Germania, Nkanga invece aveva il permesso di soggiorno scaduto.
Per questo il primo è stato rimandato in Germania, il secondo rinchiuso nel Centro di identificazione ed espulsione di Restinco a Brindisi. Dopo l'attentato del 19 dicembre ai mercatini di Berlino, sono stati attivati ulteriori approfondimenti anche sul congolese su cui erano risultate delle anomalie proprio per via delle modalità particolari di ingresso in Italia.